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昆明动物所家养动物线粒体DNA基因组学研究取得进展
日期:2015-03-04 |来源:昆明动物研究所 |作者:史妮妮、彭旻晟 | 【 【打印】【关闭】浏览次数:

  近年来,家养动物线粒体DNAmtDNA)基因组学得到了迅速发展,积累了大量的mtDNA序列数据。与此同时,一些问题随之浮现出来。除了数据质量存在缺陷(Shi, et al. 2014. Mol Ecol), mtDNA世系划分标准不一,世系命名混乱的问题已开始干扰家养动物mtDNA的研究工作。 

  为了系统解决这些问题,中国科学院昆明动物研究所张亚平院士学科组与生命条形码南方中心王文智博士开展了合作。借鉴人类mtDNA研究的先进经验,彭旻晟、樊隆、史妮妮等研究人员运用构建mtDNA单倍型类群树haplogroup tree)的方法重建了8种家养动物(家犬、家牛、牦牛、家猪、马、山羊、绵羊和家鸡)的系统发育关系(phylogeny),此结果作为在线资源DomeTreehttp://www.dometree.org)发布,这将为今后的家养动物mtDNA研究提供统一的参考标准。同时,研究人员还开发了相应的数据分析软件MitoToolPyhttp://www.mitotool.org/mp.html),可提供突变信息输出、单倍型类群划分、序列质量问题判断等功能DomeTreeMitoToolPy将通过定期在线更新升级以整合之后发表的mtDNA基因组数据,并有望囊括更多的家养动物种类。 

  相关研究结果在线发表于国际刊物《分子生态学资源》(Molecular Ecology Resources),论文链接http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.12386/abstract 

  

 

 
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