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昆明动物所发现裸鼹鼠的抗癌特性与长链非编码RNA密切相关

昆明动物研究所 江建军 2016-11-15

  近日,中国科学院昆明动物研究所孔庆鹏课题组研究发现裸鼹鼠的抗癌特性与长链非编码RNA密切相关,相关成果发表在表观遗传领域重要期刊Epigenetics & Chromatin上。昆明动物所博士研究生江建军为文章的第一作者,研究员孔庆鹏和副研究员何永捍为文章的并列通讯作者。 

  裸鼹鼠(Heterocephalus glaber)是啮齿类动物中名副其实的长寿之星,其寿命可长达30年,而一般小鼠及大鼠的寿命仅有2至3年。此外,裸鼹鼠还具有天然的抗癌特性,因此裸鼹鼠在长寿和肿瘤研究领域受到极其广泛的关注。长链非编码RNA(LncRNA)被定义为长度大于200bp而不具备编码蛋白潜能的转录本,过去认为lncRNA只是基因组中的“junk DNA”,如今发现lncRNA不仅能精确调控发育和基因表达,更是与诸多老年疾病(如老年痴呆、肿瘤等)的发生息息相关。在过去,由于技术的限制以及lncRNA序列在物种间呈现低保守性等原因,lncRNA的鉴定和分析都存在较多的困难。然而,二代测序技术以及生物信息学的快速发展使得我们可以快速、准确地挖掘不同物种的lncRNA序列,并对其功能进行有效的预测。 

  孔庆鹏课题组以裸鼹鼠为研究对象,建立了一套严格的lncRNA鉴定流程,从裸鼹鼠基因组中成功鉴定出4,422条高质量lncRNA,并发现裸鼹鼠的lncRNA具有表达丰度低、组织特异性强及保守性低等特点;通过共表达分析对裸鼹鼠的lncRNA功能进行预测,发现大约61.93%的裸鼹鼠lncRNA与抑癌基因表达高度相关。进一步分析发现,裸鼹鼠的lncRNA与透明质酸相关基因存在较高的共表达关系,而透明质酸已被证实是裸鼹鼠具备抗癌特性的关键物质。该结果提示,裸鼹鼠的lncRNA可能通过调控透明质酸的生成,使得其拥有天然的抗癌特性。  

  该项目得到了科技部973项目、国家自然科学基金及中国科学院等研究基金项目的支持。 

    文章链接:http://epigeneticsandchromatin.biomedcentral.com.ep.fjernadgang.kb.dk/articles/10.1186/s13072-016-0101-5

   

  通过lncRNA的位置信息来预测裸鼹鼠差异表达lncRNA的功能 

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